淸藏全部分正藏和續藏兩類。正藏共四百八十五函，以千字文編號，從天至漆， 內容編次和《明刻北藏》完全相同，也分（１）大乘五大部經（２）五大部外重單譯經 （３）小乘《阿含經》及重單譯經（４）宋元入藏諸大小乘經（５）大小乘律和續入 藏諸律（６）大小乘論（７）宋元續入藏諸論（８）西土聖賢撰集八個部門。續藏共 二百三十九函，是《此土著述》一部門，編號從書至機，內容依照《北藏》加以增減。 據雍正《重刊藏經序》說：「歷代名僧所制義疏，及機緣語錄，各就其時所崇信者陸 續入藏，未經明眼，辨別溜澠，今亦不無刪汰，俾歸嚴淨。」在這樣的企圖下就刪去 史傳類的《釋迦譜》等，目錄類的《出三藏記集》等，音義類的《一切經音義》等， 義疏類的《觀音經疏闡文鈔》等，著述類的《止觀輔行傳弘決》等，語錄類的《宗門 統要續集》等，一共三十六種，另外加入雍正十三年入藏的有關《華嚴》的著述《會 本懸談》、《會本疏鈔》（這些卽是所刪《華嚴疏鈔》重新整理過的本子）等四種， 乾隆二年以淸人著述爲主而續入的《楞嚴正脈》、《成唯識論音響補遺》、《梵網經 直解》、《毗尼止持會集》、《作持續輯》、《毗尼關要》、《紫柏全集》、《憨山 全集》各家語錄以及雍正自選的各書等五十四種，並重新編次。